克卜勒於 1600 年滿懷希望來到布拉格，卻發現第谷處處提防，只肯給他一部份觀測資料。克卜勒曾與第谷大吵一架後返回家鄉，直到幾個月後因不肯改教而被驅逐，走投無路下才又回頭投靠第谷。
1601 年 10 月 13 日，第谷前往宮廷參加宴會，基於禮儀，他一直憋尿不敢中途離席，誰知回到家中就再也尿不出來，而且泌尿系統疼痛不堪，後來還發燒陷入譫妄。臥床 11 天後，第谷終不敵病魔，54 歲就撒手人寰。
第谷臨終前終於把所有觀測資料交付予克卜勒，囑咐克卜勒一定要完成他所構想的天體模型，別讓他這生白走一遭。後來的事我們都知道了，克卜勒果真從第谷的觀測資料歸納出行星運行的三大定律，才為日心說打下堅實的理論基礎，徹底改變世人的宇宙觀。
不過第谷實在死得太過突然，起因又顯得相當荒謬，一直有陰謀論說他遭下毒身亡。嫌犯之一是丹麥國王克里斯蒂安四世，傳言第谷與他的母后有染，甚至很可能就是其生父，所以派殺手去殺人滅口。另一個嫌犯就是克卜勒，他覬覦第谷的觀測資料卻不可得，所以痛下殺手，再編造第谷憋尿的故事。
這些陰謀論有如好萊塢電影情節，似乎不值一提，不過 1901 年，第谷的忌日三百周年時，開棺檢驗的結果卻強化了陰謀論的主張。首先他並沒有腎結石，因此排除了當時最普遍的推測。其次，在他的遺骸中發現了汞，令人不禁懷疑是否水銀中毒而亡。
當然，這並不代表第谷被人下毒，也有可能是他平常研究煉金術而攝入體內。然而 1996 年再針對 1901 年取出的鬚髮樣本進一步化驗後，卻顯示靠近根部處的數值特別高，代表第谷在死前 24 小時攝入特別多的汞。這似乎又提高了下毒的可能，而且以陪伴在病床旁的克卜勒嫌疑最大，難道真的是他謀殺了第谷？
2010 年 11 月，來自丹麥與捷克的聯合團隊再度開棺驗屍，兩年後他們發表檢驗結果：第谷鬍鬚的汞含量遠遠不到致命的程度，而且也沒有驗出其它毒物。既然第谷不是中毒身亡，也就不可能是遭下毒謀殺了。事實上，他們一致認為克卜勒的描述的確符合膀胱嚴重發炎的跡象。第谷終於不用再被打擾，可以安息了；克卜勒也終於可以擺脫殺人兇手的流言。