《脉经》经宋林亿等校订后，卷数未变，而篇次和内容均有所更动。此书刻本颇多，现有几十种刊本。1949年以来，人民卫生出版社、上海卫生出版社先后有影印本刊行。
《隋书。经籍志》最早著录。刊行之后，自晋至唐历三百余年流传不绝。宋代校正医书局曾对此书进行校勘。
现存主要版本有：元天历三年（1330）广勤书堂刻本、明成化间据元泰定本翻刻本、明医学教育|网搜集整理赵府居敬堂刻本、明万历三年（1577）福建刻本、清道光二十四年（1844）刊《守山阁丛书》本、清光绪十七年（1891）《周氏医学丛书》本、清光绪十九年（1893）杨守敬校勘本等。人民卫生出版、商务印书馆、上海科技出版社分别出版了影印本和排印本。